تپ دق کی تشخیص اور منشیات کے خلاف مزاحمت کا پتہ لگانے کا ایک نیا ہتھیار: تپ دق کی انتہائی حساسیت کی تشخیص کے لیے مشین لرننگ کے ساتھ مل کر ایک نئی نسل کی ٹارگٹڈ سیکوینسنگ (tNGS)
لٹریچر رپورٹ: CCa: tNGS اور مشین لرننگ پر مبنی ایک تشخیصی ماڈل، جو کم بیکٹیریل تپ دق اور تپ دق گردن توڑ بخار والے لوگوں کے لیے موزوں ہے۔
مقالہ کا عنوان: تپ دق سے ٹارگٹڈ اگلی نسل کی ترتیب اور مشین لرننگ: پیسفک پلمونری ٹیوبلر اور ٹیوبلر میننجائٹس کے لیے ایک انتہائی حساس تشخیصی حکمت عملی۔
متواتر: 《Clinica Chimica Acta》
IF: 6.5
تاریخ اشاعت: جنوری 2024
یونیورسٹی آف چائنیز اکیڈمی آف سائنسز اور کیپٹل میڈیکل یونیورسٹی کے بیجنگ چیسٹ ہسپتال کے ساتھ مل کر، میکرو اور مائیکرو ٹیسٹ نے نئی نسل کی ٹارگٹڈ سیکوینسنگ (tNGS) ٹیکنالوجی اور مشین لرننگ کے طریقہ کار پر مبنی تپ دق کی تشخیص کا ایک ماڈل قائم کیا، جس نے تپ دق کے لیے انتہائی اعلیٰ پتہ لگانے کی حساسیت فراہم کی جس میں چند بیکٹیریا اور ٹیوبرکلوسیس کے لیے نئے طریقہ کار فراہم کیے گئے۔ تپ دق کی دو اقسام کی طبی تشخیص، اور درست تشخیص، منشیات کے خلاف مزاحمت کا پتہ لگانے اور تپ دق کے علاج میں مدد ملی۔ اسی وقت، یہ پتہ چلا ہے کہ مریض کے پلازما سی ایف ڈی این اے کو ٹی بی ایم کی تشخیص میں طبی نمونے لینے کے لیے موزوں نمونے کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔
اس مطالعہ میں، 227 پلازما کے نمونے اور دماغی اسپائنل سیال کے نمونے دو طبی گروہوں کو قائم کرنے کے لیے استعمال کیے گئے، جس میں لیبارٹری تشخیصی ہم آہنگی کے نمونے تپ دق کی تشخیص کے مشین لرننگ ماڈل کو قائم کرنے کے لیے استعمال کیے گئے، اور کلینیکل تشخیصی کوہورٹ کے نمونے قائم شدہ تشخیصی ماڈل کی تصدیق کے لیے استعمال کیے گئے۔ تمام نمونوں کو سب سے پہلے مائکوبیکٹیریم تپ دق کے لیے خاص طور پر ڈیزائن کیے گئے ٹارگٹڈ کیپچر پروب پول کے ذریعے نشانہ بنایا گیا۔ پھر، TB-tNGS ترتیب دینے والے ڈیٹا کی بنیاد پر، فیصلہ ٹری ماڈل کا استعمال لیبارٹری تشخیصی قطار کی تربیت اور توثیق کے سیٹوں پر 5 گنا کراس توثیق کرنے کے لیے کیا جاتا ہے، اور پلازما کے نمونوں اور دماغی اسپائنل سیال کے نمونوں کی تشخیصی حدیں حاصل کی جاتی ہیں۔ حاصل شدہ حد کو پتہ لگانے کے لیے کلینیکل تشخیصی قطار کے دو ٹیسٹ سیٹوں میں لایا جاتا ہے، اور سیکھنے والے کی تشخیصی کارکردگی کا اندازہ ROC وکر کے ذریعے کیا جاتا ہے۔ آخر میں، تپ دق کا تشخیصی ماڈل حاصل کیا گیا۔
تصویر 1 تحقیقی ڈیزائن کا اسکیمیٹک خاکہ
نتائج: اس تحقیق میں طے شدہ CSF DNA نمونے (AUC = 0.974) اور پلازما cfDNA نمونے (AUC = 0.908) کی مخصوص حدوں کے مطابق، 227 نمونوں میں سے، CSF نمونے کی حساسیت 97.01% تھی، مخصوصیت 95.65% تھی اور نمونے کی مخصوصیت 95.65% تھی 82.61% اور 86.36%۔ TBM مریضوں سے پلازما cfDNA اور cerebrospinal fluid DNA کے 44 جوڑ والے نمونوں کے تجزیے میں، اس تحقیق کی تشخیصی حکمت عملی میں پلازما cfDNA اور دماغی اسپائنل سیال DNA میں 90.91% (40/44) کی اعلی مستقل مزاجی ہے، اور %9445/45 sensitivity ہے۔ پلمونری تپ دق والے بچوں میں، اس تحقیق کی تشخیصی حکمت عملی پلازما کے نمونوں کے لیے ایک ہی مریضوں (28.57% VS 15.38%) کے گیسٹرک جوس کے نمونوں کے ایکسپرٹ کا پتہ لگانے کے نتائج سے زیادہ حساس ہے۔
تصویر 2 آبادی کے نمونوں کے لیے تپ دق کی تشخیص کے ماڈل کی کارکردگی کا تجزیہ
تصویر 3 جوڑا بنائے گئے نمونوں کے تشخیصی نتائج
نتیجہ: اس مطالعے میں تپ دق کے لیے ایک انتہائی حساس تشخیصی طریقہ کار قائم کیا گیا تھا، جو اولیگو بیکیلری تپ دق (منفی ثقافت) والے طبی مریضوں کے لیے سب سے زیادہ پتہ لگانے کی حساسیت کے ساتھ ایک تشخیصی آلہ فراہم کر سکتا ہے۔ پلازما سی ایف ڈی این اے کی بنیاد پر انتہائی حساس تپ دق کا پتہ لگانا فعال تپ دق اور تپ دق گردن توڑ بخار کی تشخیص کے لیے ایک موزوں نمونہ ہو سکتا ہے (دماغی تپ دق کے مشتبہ مریضوں کے لیے دماغی اسپائنل سیال کے مقابلے پلازما کے نمونے جمع کرنا آسان ہے)۔
اصل لنک: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990؟ %3Dihub کے ذریعے
میکرو اور مائیکرو ٹیسٹ تپ دق کی سیریز کا پتہ لگانے والی مصنوعات کا مختصر تعارف
تپ دق کے مریضوں کی پیچیدہ نمونوں کی صورت حال اور مختلف ضروریات کے پیش نظر، میکرو اور مائیکرو ٹیسٹ تھوک کے نمونوں سے لیکویفیکشن نکالنے، Qualcomm لائبریری کی تعمیر اور ترتیب، اور ڈیٹا کے تجزیہ کے لیے NGS حل کا ایک مکمل سیٹ فراہم کرتا ہے۔ مصنوعات میں تپ دق کے مریضوں کی تیز رفتار تشخیص، تپ دق کی منشیات کے خلاف مزاحمت کا پتہ لگانے، مائکوبیکٹیریم تپ دق اور این ٹی ایم کی ٹائپنگ، بیکٹیریا منفی تپ دق اور تپ دق کے شکار افراد کی انتہائی حساسیت کی تشخیص وغیرہ کا احاطہ کیا گیا ہے۔
تپ دق اور مائکوبیکٹیریا کے لیے سیریل ڈیٹیکشن کٹس:
| آئٹم نمبر | پروڈکٹ کا نام | مصنوعات کی جانچ کے مواد | نمونہ کی قسم | قابل اطلاق ماڈل |
| HWTS-3012 | نمونہ ریلیز ایجنٹ | تھوک کے نمونوں کے لیکویفیکشن ٹریٹمنٹ میں استعمال کیا جاتا ہے، اس نے فرسٹ کلاس ریکارڈ نمبر، سوٹونگ مشینری ایکوپمنٹ 20230047 حاصل کیا ہے۔ | تھوک | |
| HWTS-NGS-P00021 | انتہائی حساس تپ دق کے لیے Qualcomm مقدار کا پتہ لگانے والی کٹ (تحقیقات کی گرفتاری کا طریقہ) | بیکٹیریا-منفی پلمونری تپ دق اور دماغی نوڈولس کے لیے غیر ناگوار (مائع بایپسی) انتہائی حساسیت کا پتہ لگانا؛ تپ دق یا غیر تپ دق کے مائکوبیکٹیریا سے متاثر ہونے کے شبہ والے لوگوں کے نمونوں کا اعلی گہرائی سے ترتیب دینے والی میٹاجینومکس کے ذریعے تجزیہ کیا گیا، اور اس بات کی کھوج کی معلومات کہ آیا تپ دق یا غیر تپ دق کے مائکوبیکٹیریا متاثر ہوئے تھے اور مائکوبیکٹیریم ٹیوبیریم کی منشیات کے خلاف مزاحمت کی بنیادی معلومات فراہم کی گئیں۔ | پردیی خون، الیوولر لیویج سیال، ہائیڈروتھوراکس اور جلودر، فوکس پنکچر کا نمونہ، دماغی اسپائنل سیال۔ | دوسری نسل |
| HWTS-NGS-T001 | مائکوبیکٹیریم ٹائپنگ اور ڈرگ ریزسٹنس ڈٹیکشن کٹ (ملٹی پلیکس ایمپلیفیکیشن سیکوینسنگ طریقہ) | مائکوبیکٹیریم ٹائپنگ ٹیسٹ، بشمول MTBC اور 187 NTM۔مائکوبیکٹیریم تپ دق کی منشیات کے خلاف مزاحمت کا پتہ لگانے میں 13 ادویات اور منشیات کے خلاف مزاحمتی جینوں کی 16 بنیادی تبدیلی کی جگہیں شامل ہیں۔ | تھوک، الیوولر لیویج سیال، ہائیڈروتھوراکس اور جلودر، فوکس پنکچر کا نمونہ، دماغی اسپائنل سیال۔ | دوسری/تیسری نسل کا دوہری پلیٹ فارم |
جھلکیاں: HWTS-NGS-T001 مائکوبیکٹیریم ٹائپنگ اور منشیات کے خلاف مزاحمت کا پتہ لگانے والی کٹ (ملٹی پلیکس ایمپلیفیکیشن طریقہ)
پروڈکٹ کا تعارف
یہ پروڈکٹ ڈبلیو ایچ او ٹی بی کے علاج کے رہنما خطوط میں بیان کردہ اہم پہلی اور دوسری لائن کی دوائیوں پر مبنی ہے، میکولائڈز اور امینوگلیکوسائڈز جو عام طور پر NTM کے علاج کے رہنما خطوط میں استعمال ہوتے ہیں، اور منشیات کے خلاف مزاحمت کی سائٹیں WHO میں منشیات کے خلاف مزاحمت سے متعلق سائٹس کے تمام ایک گروپ کا احاطہ کرتی ہیں۔ اندرون و بیرون ملک اعلیٰ اسکور کرنے والے لٹریچر کی چھان بین اور اعدادوشمار۔
ٹائپنگ کی شناخت چینی جرنل آف تپ دق اور سانس کی بیماریوں اور ماہرین کے اتفاق رائے کے ذریعہ شائع کردہ NTM رہنما خطوط میں خلاصہ کردہ NTM تناؤ پر مبنی ہے۔ ڈیزائن کردہ ٹائپنگ پرائمر 190 سے زیادہ NTM پرجاتیوں کو بڑھا سکتے ہیں، ترتیب دے سکتے ہیں اور تشریح کر سکتے ہیں۔
ٹارگٹڈ ملٹی پلیکس پی سی آر ایمپلیفیکیشن ٹیکنالوجی کے ذریعے، مائکوبیکٹیریم کے جین ٹائپنگ جینز اور ڈرگ ریزسٹنٹ جینز کو ملٹی پلیکس پی سی آر کے ذریعے بڑھا دیا گیا، اور ٹارگٹ جینز کا ایمپلیکن امتزاج حاصل کیا گیا۔ ایمپلیفائیڈ پروڈکٹس کو دوسری نسل یا تیسری نسل کی ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ لائبریریوں میں بنایا جا سکتا ہے، اور تمام سیکنڈ جنریشن اور تھرڈ جنریشن سیکوینسنگ پلیٹ فارمز کو ٹارگٹ جینز کی ترتیب کی معلومات حاصل کرنے کے لیے ہائی ڈیپتھ سیکوینسنگ کا نشانہ بنایا جا سکتا ہے۔ بلٹ ان ریفرنس ڈیٹا بیس (بشمول ڈبلیو ایچ او مائکوبیکٹیریم تپ دق پیچیدہ اتپریورتن کیٹلاگ اور منشیات کے خلاف مزاحمت کے ساتھ اس کا تعلق) میں موجود معلوم تغیرات کے ساتھ موازنہ کرکے، منشیات کی مزاحمت یا تپ دق کی دوائیوں کی حساسیت سے متعلق تغیرات کا تعین کیا گیا۔ میکرو اور مائیکرو ٹیسٹ کے خود کھولے ہوئے تھوک کے نمونے کے علاج کے حل کے ساتھ مل کر، کلینیکل اسپٹم کے نمونوں (روایتی طریقوں سے دس گنا زیادہ) کی کم نیوکلک ایسڈ ایمپلیفیکیشن کارکردگی کا مسئلہ حل کر دیا گیا، تاکہ منشیات کے خلاف مزاحمت کی ترتیب کا پتہ لگانے کو براہ راست طبی تھوک کے نمونوں پر لاگو کیا جا سکے۔
پروڈکٹ کا پتہ لگانے کی حد
34منشیات کے خلاف مزاحمت سے متعلق جینز18انسداد تپ دق ادویات اور6NTM منشیات کا پتہ چلا، احاطہ کرتا ہے297منشیات کے خلاف مزاحمت کی جگہیں؛ مائکوبیکٹیریم تپ دق کی دس اقسام اور اس سے زیادہ190NTM کی قسموں کا پتہ چلا۔
جدول 1: 18+6 ادویات +190+NTM کی معلومات
پروڈکٹ کا فائدہ
مضبوط طبی موافقت: تھوک کے نمونوں کو بغیر کلچر کے سیلف لیکیفیکشن ایجنٹ کے ساتھ براہ راست پتہ لگایا جاسکتا ہے۔
تجرباتی آپریشن آسان ہے: ایمپلیفیکیشن آپریشن کا پہلا دور آسان ہے، اور لائبریری کی تعمیر 3 گھنٹے میں مکمل ہو جاتی ہے، جس سے کام کی کارکردگی بہتر ہوتی ہے۔
جامع ٹائپنگ اور ڈرگ ریزسٹنس: MTB اور NTM کی ٹائپنگ اور ڈرگ ریزسٹنس سائٹس کا احاطہ کرنا، جو کلینیکل تشویش کے اہم نکات ہیں، درست ٹائپنگ اور ڈرگ ریزسٹنس کا پتہ لگانا، آزاد تجزیہ سافٹ ویئر کی حمایت کرنا، اور ایک کلک کے ساتھ تجزیہ رپورٹیں تیار کرنا۔
مطابقت: مصنوعات کی مطابقت، مرکزی دھارے میں شامل ILM اور MGI/ONT پلیٹ فارمز کے مطابق۔
مصنوعات کی تفصیلات
| پروڈکٹ کوڈ | پروڈکٹ کا نام | پتہ لگانے کا پلیٹ فارم | وضاحتیں |
| HWTS-NGS-T001 | مائکوبیکٹیریم ٹائپنگ اور ڈرگ ریزسٹنس ڈٹیکشن کٹ (ملٹی پلیکس ایمپلیفیکیشن طریقہ) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | 16/96rxn |
پوسٹ ٹائم: جنوری-23-2024